2×01 Vortex (Tornádo)

Na Smallville prišlo tornádo a to práve vo chvíli, keď hrozilo odhalenie Clarkovej pravej totožnosti zo strany Rogera Nixona, ambiciózneho novinára, ktorého si pôvodne najal Lex na odhalenie záhadných udalostí, ktoré sa v Smallville odohrali. Nixon má kompromitujúce zábery a vie toho príliš, aby zničil rodinnú idylku Kentovcov. Jonathan ho preto prenasleduje a nakoniec obaja skončia v podzemnej krypte, odkiaľ sa nemôžu bez cudzej pomoci dostať von. Potom, čo ich Clark zachráni, využije Roger úlomky meteoritov k oslabeniu Clarka, ktorého chce odviesť ako dôkaz svojej reportáže. Pri súboji s Jonathanom sa ho pokúsi zabiť, ale v poslednej chvíli zasiahne Lex a Rogea zastrelí. Jonathan s Lexom si poprvýkrát v živote podajú ruky. Chloe je po plese nešťastná a skúša Clarkove city tým, že mu ponúkne priateľstvo namiesto lásky. Clark to príjma a Chloe je zúfalá. Lana si pamätá, ako ju Clark zachránil z auta uväzneného vo víre vetra. Clark to síce popiera, ale Lana už čosi tuší o jeho schopnostiach. Lex Luthor váha, či má zachrániť svojho otca spod padajúceho stĺpu. Nakoniec to spraví. Čaká ho ale ešte ďalšie rozhodnutie. Lekári sa totiž nedokážu zhodnúť na tom, či je pre neho vhodná okamžitá operácia. Po operácii sa dozvedá, že jeho otec síce nebude ochrnutý, ale už sa mu nikdy nevráti zrak.

2×02 Heat (Zvodkyňa)

Na strednej škole sa objavuje nová učiteľka biológie, zvodná Desiree. Počas premietania výukového filmu o sexe môže Clark na nej nechať oči. Nečakane ale spôsobí požiar - z očí mu vyšľahne plameň a zapáli premietacie plátno. Potom ako uhasí požiar, sa objavuje Lex, a prekvapený Clark zisťuje, že Desiree je jeho snúbenica. Večer má byť svadba a Clark je pozvaný ako svedok. Čoskoro z Clarkových očí znovu vyšľahne plameň, tentokrát je to v Laninej kaviarni a odnesie si to kávovar a časť vnútorného zariadenia. Rodičia chápu, že problémy spôsobuje dospievanie a hormóny. Jonathan pomôže svojmu synovi, aby sa svoju novú schopnosť naučil ovládať. Čerstvá pani Luthorová sa pokusí Clarka zviesť, ale neúspešne. Je to prvý muž, ktorý jej kúzlu odolal. Medzitým Chloe zistila, že Lexova manželka má pohnutú minulosť. Pri meteorickom daždi bola pristihnutá "in flagranti" so svojim milencom v aute a vďaka tomu má zvýšenú schopnosť produkovať samičie feromóny. Dokáže zviesť každého muža a presvedčiť ho k čomukoľvek. Clark medzitým skončí vo väzení - Desiree ho obviní z toho, že jej zapálil voz. Lex, ovplyvnený svojou ženou, vyhodí Lanu z kaviarne a vypovedá zmluvu o spolupráci. Jonathan ide za Desiree a tá na neho zapôsobí svojím kúzlom. Presvedčí ho, aby zabil Lexa. Na poslednú chvíľu zasiahne Clark, ktorému sa medzitým podarilo utiecť z väzenia, a zachráni svojho najlepšieho priateľa i otca pred katastrofou.

2×03 Duplicity (Tajomstvo)

Dr. Hamilton, šialený vedec, ktorého si kedysi Lex najal na výskum, je postihnutý nevyliečiteľnou chorobou. Príčínou sú meteority a prejavom je trasenie ruky a nadmerná agresivita. Lex sa rozhodne ukončiť s ním zmluvu o spolupráci. Hamilton cestou od neho zaviní dopravnú nehodu. Pete ide náhodou okolo a vodiča, ktorý sa pri vyhýbacom manévri dostal do kukuričného poľa zachráni. Pritom si všimne kozmickú loď. Ide o Clarkovu loď, ktorá sa počas tornáda dostala na pole. Pete sa Clarkovi s nálezom zverí a dokonca Clarka požiada, aby mu pomohol s prevozom lode do jeho kôlne. Clark s Jonathanom sa snažia vymyslieť, ako loď získať späť, ale medzitým už loď začal hľadať Hamilton. Od zachráneného vodiča, Raya, sa dozvie, že by mohla byť u Peta, a ukradne ju z jeho kôlne. Pete samozrejme v noci vidí Jonathana s Clarkom, a dôjde k názoru, že loď ukradli oni. Nakoniec Clark prezradí Peteovi všetko o sebe, aby získal späť jeho dôveru. Pete sa urazí, berie to tak, že mu Clark po celý život klamal. Hamilton medzitým získa spojenca v Lexovom otcovi Lionelovi, ktorý utiekol z fyzioterapií a nasťahoval sa k Lexovi. Zverí sa mu zo svojim objavom a získa od neho prísľub finančnej spolupráce. Musí, ale nájsť osemsten, ktorým sa kozmická loď aktivuje. Unesie vtedy Petea a vypočúva ho. V momente, keď ho chce zabiť, sa objaví Clark a zachráni ho. Chlapci k sebe znovu nájdu cestu a Pete je okrem Clarkových rodičov ďalším človekom, ktorý teraz vie Clarkovo tajomstvo.

2×04 Red (Falošný rubín)

Clark si napriek odporu svojho otca kúpi predražený školský prsteň. Netuší, že namiesto rubínu je v ňom zasadený bezcenný, ale pre Clarka nebezpečný červený kameň z meteoritu. Ten okamžite začne pôsobiť na jeho psychiku - chlapec je agresívny, úprimný bez hanby, zaujíma sa len o zábavu a materiálne veci. Chloe zisťuje, že v prsteni sú nepravé rubíny, a peteovi dochádza, prečo sa jeho priateľ tak zmenil. Medzitým sa Clark ocitá opäť medzi dvoma ženami - svojou dávnou priateľkou Lanou a novou spolužiačkou, rebelkou Jessi. Po Jessinom otcovi Edwardovi ale ide svojrázny US Marshal Palmer, ktorý chce získať dôkazy, ktoré má Edward proti svojmu pôvodnému zamestnávateľovi. Jeho cesta sa pretne s Clarkovou a Clark, oslnený vidinou peňazí za chytenie Edwarda, sa za ním vydáva sám. Ešte skôr, než stále bezcitnejší Clark stihne niekomu ublížiť zasahuje Pete spolu s Jonathanom. S pomocou zeleného meteoritu Clarka oslabia a zničia červený prsteň. Clarkova osobnosť sa zmení späť. Lionel Luthor, ktorý bol slepým svedkom demonštrácie Clarkových schopností voči Palmerovi, však začína tušiť, že Clark nie je obyčajný človek.

2×05 Nocturne (Básnik)

Lana má tajného ctiteľa - na cintoríne, kam chodí oplakávať rodičov, jej necháva básne. Raz si na neho v noci počká a z ctiteľa sa stane sympatický mládenec. Skoro však Lana a Clark zistia, že Byron nie je obyčajný chlapec. Rodičia ho násilím držia doma v pivnici. Kým stihne zasiahnuť polícia, Clark ho dostane von, pretože si myslí, že je rodičmi týraný. Na svetle sa Byron premení v bytosť podobnú polovičnému vlkodlakovi a utečie. Chloe medzitým zistí, že Byron bol objektom experimentu. Keď odborníci potlačovali chemoterapiou jeho nezvládnuteľné správanie, spôsobily mu vedľajšie príznaky - na dennom svetle sa z neho stáva divoká bytosť. Spoločnosť Metron, dnes už zaniknutá, patrila samozrejme do siete LuthorCorpu. Zatiaľčo Byrona márne hľadá polícia i jeho otec, stretne sa s Lanou opäť na cintoríne. Tentokrát je však iný a Lanu poraní. Ešte predtým ako omdlie, prezradí mu Lana, čo zistila Chloe. Divoký Byron napadne Lionela Luthora a je pri tom aj Clarkova matka, ktorá Lionelovi začala robiť asistentku. Našťastie sa na všetko zdiaľky díva Clark. Zasiahne a Byrona zrazí vetracím prieduchom pod zem, kde sa tento premení späť. Zachránený Lionel dá na Marthinu radu a založí nadáciu na Byronovu záchranu.

2×06 Redux (Večná študentka)

Na Smallvillskej strednej sa objavuje nový riaditeľ Reynolds. Pozná z minulosti Lexa a nemá ho rád. Všimne si Clarkove priateľstvo s Lexom a vyzerá to, že si kvôli tomu na Clarka zasadol. Nová žiačka Krissy nemá vo svojom spise žiadne podklady o predchádzajúcej škole. Riaditeľ, ktorý zisťuje niektoré údaje o svojich študentoch, ju preto požiada o duplikáty a schôdzku s rodičmi. Medzitým záhadne umierajú dvaja študenti na progeriu a zhodou okolností im pred smrťou bola nablízku Krissy. Clarkove to je podozrivé a upozorní na to aj svojich priateľov. Chloe objaví, že rovnako vyzerajúce dievča, ale pod iným menom, sa objavila už niekoľkokrát. Vždy ju obklopovali záhadné úmrtia na progeriu, ona sama však vyzerala mlado i na fotkách z počiatku minulého storočia. Jej poslednou obeťou sa má stať riaditeľ Reynolds, ale Clark ho na poslednú chvíľu zachráni. Paralelnou epizódou sú finančné problémy Kentovcov. Zachrániť ich má dedko, Marthin otec. Opäť sa ale poháda s Jonathanom a Clark tak odhaľuje pohnutú históriu rodinného sporu. Zatiaľ to na uzmierenie nevypadá, ale Clark dúfa, že sa mu to v budúcnosti podarí.

2×07 Lineage (Rodina)

V Smallville sa zčistajasna objaví záhadná pani Dunlevyová, ktorá tvrdí, že je Clarkovou biologickou matkou. Ako bývalá Lexova pestúnka vraj mala pomer s Lionelom Luthorom. Keď vyšlo najavo, že je s ním tehotná, donutil ju Lionel, aby dala dieťa na adopciu a dal ju do sanatória. Lex i Clark by tak mali byť obaja synmi Lionela Luthora, aj keď myšlienka, že by mali byť bratmi, im nie je proti mysli. Clark sa naviac dozvedá, že Lionel Luthor zariadil pre jeho rodičov sfalšovanie adopčných listín a ako protislužbu mu Jonathan, proti svojej vôli, zariadil ľahký prienik do Smallvillskej podnikateľskej komunity. Pani Dunlevyová získa súdny príkaz na genetický test, ale Clark v laboratóriu sliny zamení za Peteove. Keď Dunlevyová vidí, že tadiaľ cesta nepovedie, unesie Lexa. Vydiera Lionela, chce sa dozvedieť, kto je jej syn. Keď Lionel neustúpi, chce Lexa zabiť. Na poslednú chvíľu ho Clark zachráni. Keď Lex vyzvedá u svojho otca, ako skončil syn pani Dunlevyovej, Lionel tvrdí, že bol umiestnený do vhodnej rodiny a zomrel pred prvými narodeninami.

2×08 Ryan (Ryan)

Ryan, chlapec so schopnosťou čítať myšlienky druhých, ktorý sa už objavil v prvej sérii, volá Kentovcom. Má zúfalý hlas, tvrdí, že ho držia v pokusnom zariadení proti jeho vôli. Clarkovi sa podarí vypátrať, kde je, ale na mieste mu personál tvrdí, že tam nikto taký nie je. Clarkovi sa ho napriek tomu podarí objaviť a uniesť. Ryana objaví u Lexa. Doktor Garner, ktorý robil na Ryanovi pokusy, sa čoskoro objaví u Kentovcov so šerifom Ethanom. Dáva im ultimátu, buď vydajú Ryana, alebo obviní Clarka z únosu. na poslednú chvíľu zasiahne Lex, ktorému sa podarí získať pre kentovcov dočasné opatrovníctvo. Ryan je ale vážne chorý, jeho život ohrozuje rastúci mozgový nádor. Clarkovi sa s Lexovou pomocou podarí získať špičkového lekára, ale jeho zásah len oddiali Ryanovu smrť. Paralelnou epizódou je príbeh Lany, ktorú teta donúti odsťahovať sa s ňou a jej priateľom do Metropolisu. Nakoniec sa Lane podarí tetu presvedčiť, aby ju nechala bývať u priateľky Chloe.

2×09 Dichotic (Rozdvojenie)

Premiant Ian má problémy s pracovným vyučovaním. Nesadnú si s učiteľom Frankelom a ten čoskoro zmizne. Skoro na to začne naväzovať kontakt s Chloe a s Lanou. Clarkovi je podozrivý a zisťuje, že to robí kvôli svojmu štipendiu: Chloe o ňom napíše článok a Lana sa prihovorí u Lexa, ktorému patrí štipendijná nadácia. Clark s Peteom medzitým objavia mrtvolu učiteľa Frankela a súčasne sa ich pri tom niekto pokúsi zabiť. Clarkov ostrozrak odhaľuje Iana. Ten má ale alibi, v tú dobu bol u Chloe. Clarkovi sa to stále nezdá a nakoniec zisťuje, že podľa údajov z Lexovej štipendijnej nadácie by sa ian musel súčasne vyskytovať na dvoch miestach, vo dvoch školách. Pomocou pageru, ho vylákajú na dve miesta súčasne a zisťujú, že sú skutočne dvaja. "Dvojčatá" tušia nebezpečenstvo a rozhodnú sa zlikvidovať Chloe, Lanu i Clarka. Clark zasiahne vo chvíli, keď sa pokúšajú zhodiť Lanu a Chloe z priehradnej hrádze. V paralelnej epizóde sa Lex spriatelí s doktorkou Helen, ktorá ho kedysi, ako medička liečila z opice v Metropolise.

2×10 Skinwalker (Vlčí ľudia)

Clark sa nešťastnou náhodou prepadne do jaskynného komplexu, kde objaví nielen pôvabnú indiánku Kylu, ale aj záhadné kresby staré niekoľko storočí. Popisujú príbeh, ktorý odpovedá Clarkovmu životnému osudu - hovorí o Namanovi, ktorý spadne s ohnivým dažďom a bude raz chrániť celú Zem. Clark sa túži dozvedieť viac, zoznamuje sa s dievčiným dedkom a spolu s Lanou a jej možným otcom Henrym sa pripojujú k aktivistom, ktorí bojujú za záchranu jaskýň pred neblahým následkom stavebných prác spoločnosti LuthorCorp. Kyla pochopí, že Clark by mohol byť bájny Naman. Medzi oboma vzniká milostné puto. Clarkova matka sa stretáva s vlkom a otlačky vlčích zubov na sebe mali i kosti stavbyvedúceho, ktorý zahynul po hádke s Kyliným dedkom. Chloe zisťuje, že kmeňu, z ktorého obaja pochádzajú, sa hovorí vlčí ľudia. Pôvodne Clarka podozrieva dedka, ale čoskoro zistí, že vlkodlak je Kyla. Tá umiera na následky zranení, ktoré utrpela pri neúspešnom útoku na Lionela Luthora. Lex zaistí odkúpenie Lionelovho pozemku štátom a spoločnosť LexCorp je poverená jeho správou. Henry zdeľuje Lane, že majú spoločnú DNA. Whitney, ktorý slúži v námornictve, sa údajne nevrátil z akcie.

2×11 Visage (Návrat hrdinu)

Whitney sa vracia do Smallvillu potom, čo sa stratil počas vojenskej akcie a bol dlho nezvestný. Trpí údajnou stratou pamäte, takže ani nevie, že sa už s Lanou rozišiel. Jeho správanie je divné a Clark odhalí, že je to Tina Greerová, ktorá sa už vyskytla v prvej sérii seriálu a dokáže sa premeniť do podoby ľubovoľného človeka. Má slabosť pre Lanu a pretože ju Lana ako Whitneyho nechce, rozhodne sa, že sa bude vydávať za Clarka. Medzitým s pomocou meteoritov Clarka premôže a hodí ho do pivnice - tam, kde Kentovci ukrývajú raketu, v ktorej priletel Clark na zem ako batoľa. Clark má meteorický kameň na krku a raketa, ktorá nečinne odpočíva pod prikrývkou, naraz ožije a záhadným spôsobom neutralizuje účinok zeleného kameňa. Clark sa stretne v záverečnom súboji so svojím dvojníkom, Tinou, prezlečenou do jeho podoby, a víťazí. Sotva sa Lana spamätá z jedného šoku, prichádza ďalší - Whitney zahynul v boji. Lana si uvedomuje, že Clark je ten jediný, kto po smrti rodičov a Whitneyho a po odchodu tety Nell ostal pri nej. V paralelnej epizóde obviní Lex svoju novú priateľku Helen z toho, že sa spojila s jeho otcom. Ide však o nešťastnú súhru náhod. Dievča sa urazí a Lexa opustí. Ten si uvedomuje svoju chybu a prosí ju o odpustenie. Nakoniec sa dajú znova dohromady.

2×12 Insurgence (Rukojemníci)

Lex zistí, že ho otec nechal odpočúvať. Chce sa mu pomstiť a najme si tím, ktorý má v nedeľu inštalovať odposluch do sídla LuthorCorpu v Metropolis. Netuší ale, že tam chce Lionel v ten istý deň pracovať so svojou asistentkou, Clarkovou matkou Marthou. Naviac má jeden člen tímu zálusk na Lionelov trezor, prevezme vedenie a Lexovi sa akcia vymkne z rúk. Ten istý deň mali Clarkovi rodičia sláviť výročie svadby. Najprv sa pohádali, pretože Jonathan sa nezmieril s tým, že Martha má ísť do práce. Následne Jonathan ostro odmietol Lexovu ponuku odvozu do Metropolis helikoptérou, aby mohol ísť s manželkou na večeru. Hneď na to sa objavuje v správach, že Martha a Lionel sú rukojemníci ľudí, ktorí boli pôvodne najatí Lexom na inštaláciu odposluchu. Clark vyráža do metropolis po vlastných, Jonathan s Lexom firemným vrtuľníkom. Clark na mieste prekoná strach z výšok a prenikne do budovy LuthorCorpu skokom zo susedného domu. Medzitým zločinci otvoria trezor a prekvapená Martha zisťuje, že je tam osemsten, súčasť Clarkovej rakety, tehly uliate z meteorických kameňov a tajný dokument o Clarkovi. Clark nakoniec zločincov zlikviduje a spolu s matkou zničí tajný dokument. Matka zachráni osemsten a ukryje ho doma do dózy s múkou. Lionel, ktorý zrejme vytušil Lexove aktivity, sa rozhodne od neho odsťahovať.

2×13 Suspect (Podozrivý)

Clarkov otec Jonathan je podozrivý z pokusu o vraždu Lionela Luthora - má motiv a bola u neho nájdená vražedná zbraň. On sám si na nič nepamätá, zašiel na jedno pivo k Divokému kojotovi a potom sa prebral vo svojom voze s vražednou zbraňou obkľúčený políciou. Zatiaľčo sedí vo väzbe, Clark pátra po skutočnom páchateľovi. Podozrivých je hneď niekoľko. Lionelov syn Lex - pretože otec skúpil hlasovacie akcie jeho firmy. Lionelov asistent Dominic - pretože nesúhlasí s tým, aby Lionel pribral svojho syna späť do LuthorCorpu, na ktorého fungovaní má vlastný záujem. Nakoniec sa ukáže, že vrahom je šerif Ethan, v spolupráci s barmanom Mikeom. Ethan bol najprv Lionelom vydieraný - podnikateľ ho nútil, aby zhromaždil kompromitujúce materiály na členov predstanvenstva LexCorpu. Keď Ethan zistil, že sa nevyhne ďalšej spolupráci s Lionelom, rozhodol sa, že ho zlikviduje. Využil spor medzi Jonathanom a Lionelom (týkal sa hodiniek s venovaním, ktoré dostala od Lionela Martha) a vraždu šikovne navliekol na svojho bývalého spolužiaka zo strednej školy.

2×14 Rush (Adrenalín)

Pri párty, ktorú smallvillská mládež organizuje v jaskyni, kde sú záhadné piktogramy sa jeden zo spolužiakov, Travis, chová divne, akoby stratil pud sebazáchovy. Končí svoj život skokom zo železnej rampy. V tej istej chvíli niečo Petea bodá zozadu do krku a on sa začína chovať podobne ako Travis. Clark si Peteovho zvláštneho hazardérskeho správania rychle všimne a snaží sa mu s Chloe pomôcť. Tá medzitým zistila, že už pred Travisom tam boli dve podobné úmrtia - u všetkých obetí zostalo malé bodnutie zozadu na krku. Vydávajú sa hľadať stopu do jaskyne, kde to všetko začalo. Tu sa stretávajú s doktorom Waldenom, špecialistom na lúštenie záhadných písem, ktorého si medzitým Lex najal na vylúštenie piktogramov. V okamžiku stretnutia ucíti Chloe pálčivú bolesť na krku a začína sa chovať rovnako ako Pete a predtým travis. Clark zbiera odvahu a pozve lanu na rande, ale rýchly spád udalostí spád udalostí spôsobí, že ho nakoniec musí odriecť. Lana mu veľmi neverí - uvádza ako dôvod Peteove problémy, ale ten vyzerá zdanlivo v poriadku. Walden medzitým najde v jaskyni sídlo podivuhodných živočíchov. Sú to parazity, ktoré prenikajú do ľudského organizmu, živia sa adrenalínom a tým stimulujú jeho zvýšené vylučovanie. Naviac v Lexových laboratóriách zistia, že ich DNA sa odlišuje od DNA pozemských živočíchov. Clark sa snaží Peteovi a Chloe pomôcť, ale tí sa bránia - Pete hrozí, že prezradí jeho tajomstvo, oslabuje ho zeleným meteoritom a nakoniec mu vstrčí do kapsy červený, takže sa Clark začne správať veľmi podobne ako obaja postihnutí. Prezradí Chloe svoje tajomstvo, správa sa nepriateľsky k Lexovi a robí s Chloe pohoršujúce veci na verejnosti.

2×15 Prodigal (Stratený syn)

Lex objavuje svojho brata Lucasa. Myslí si, že týk prekvapí otca a hlavne, že sa s pomocou desaťpercentného Lucasovho podielu znova uchopí vlády nad LexCorpem. Netuší však, že Lionel Lucasa sleduje už od detstva a že sa s ním dohovoril proti Lexovi. Lex skončí na ulici, Lionel ho už v rodinnom sídle nechce. Presídli sa teda na farmu Kentovcov, kde musí Jonathanovi dokázať, že vie narábať aj s vidlami. Lucas sa medzitým u Lionela zabýva a domnieva sa, že zostane na lexovom mieste nastálo. Tuší, že Clark drží s Lexom, a snaží sa ho vyhodiť z Talonu, kde Clark medzitým začal pracovať. Keď sa ho Lana zastane, chce vyhodiť aj ju. Lex sa medzitým snaží s lucasom prehovoriť na tému Lionelovej nedôveryhodnosti. Naznačí mu tiež, že by si ho mohli nájsť jeho bývalí "priatelia" z Edge City, kde sa venoval kartovým podvodom. Vo chvíli, keď k tomu skutočne dôjde ho zachráni Clark. Lucas nakoniec zinscenuje scénu, v ktorej núti Lionela, aby Lexa zastrelil. Počas dramatického dialógu Lex zistí, že jeho otec slepotu len hrá (všímavý Lucas si to všimol hneď pri prvom stretnutí). Clark síce zasiahne, ale zbytočne - v zbraniach sú slepé náboje.

2×16 Fever (Horúčka)

Martha Kentová sa snaží ukryť v pivnici plechovku s múkou, v ktorej je kľúč aktivujúci kozmickú loď. Keď odkryje časť zeminy, narazí na radioaktívne plesňové spóry. Jej organizmus je intoxikovaný a o chvíľu na to sa zrúti. V nemocnici si s ňou nevedia dať rady a celú udalosť ohlásia Centru pre výskum chorôb. Jeho špecialisti sa chystajú prehľadať farmu, a tak musí Clark urýchlene odpratať z pivnice kozmickú loď. Pritom takisto vdýchne radioaktívne spóry a čoskoro sa to na ňom začne prejavovať. Helen dokáže síce prepichnuť oslabenému Clarkovi kožu ihlou a odobrať mu krv, Jonathan ju však radšej dopredu upozorní, nech neposiela krv do laboratória a urobí rozbor sama. Helen stačí jediný pohľad do mikroskopu, aby pochopila, že to nie je obyčajná krv. Vďaka Marthinej hospitalizácii sa Jonathan a Clark dozvedajú, že je tehotná. Martha, ktorá bola neplodná, sa domnieva, že otehotnela vďaka žiareniu, ktoré vychádzalo z lode potom, čo ju na krátku dobu aktivoval novinár Nixon počas hurikánu. Pretože sa jej stav stále zhoršuje, rozhodne sa Jonathan využiť poslednú šancu a aktivovať loď. Kľúč, ktorý objavili špecialisti z Centra pre výskum chorôb v pivnici Kentovcov, je však medzitým už v armádnom sklade, takže ho najskôr musí s Clarkovou a Peteovou pomocou viacmenej dobrodružným spôsobom získať späť. Pred nemocnicou potom aktivujú loď a záblesk svetla z nej privedie k životu Marthu (tá medzitým už zomrela) a uzdraví Clarka. Helen neverí vlastným očiam. Paralelné príbehy: Helen dostáva ponuku na univerzitnú stáž, Lex si ju chce udržať v Smallville. Chloe vypovie Clarkovi svoje city, zatiaľčo spí oslabený nemocou, ten však zo spánku vyslovuje Lanino meno, čím zlomí Chloe srdce.

2×17 Rosetta (Strom života)

Clark trpí namesačnosťou - v noci sa mu snívajú sny, ako prikladá osemstenný kľúč do priehlbiny v stene jaskyne a ráno sa prebúdza mimo domu. Pudenie je tak silné, že sa tam jedného dňa skutočne vydá. Po priložení kľúča výjde zo steny záblesk svetla a Clark je pohltený informáciami, ktoré súvisia s jeho pôvodom. Dokáže tak čítať aj tajomné nápisy. Doktor Walden krátko potom skúsi to isté, ale je doslova predávkovaný informáciami a upadá do hlbokej kómy. Krátko na to sa Clarkovi jeho schopnosti opäť vymknú z rúk a doma vypáli očami do drevenej steny stodoly jeden z tajomných symbolov. Ide o symbol nádeje. Bohužiaľ ho objaví aj investigatívna žurnalistka Chloe a napíše o tom do novín. Okamžite je jej prostredníctvom Clark kontaktovaný od tajomného pána Swanna. Clark zistí, že ide o človeka zasväteného do lúštenia tajomných symbolov. Napriek varovaniu rodičov sa za ním vydá a zistí, že pochádza z planéty Krypton a že jeho pristátie na Zemi sprevádzala skaza z jeho domoviny. Po návrate od Swanna sa odváži otvoriť svoju kozmickú loď, kde objaví odkaz od svojich rodičov. Podľa neho by mal vládnuť Zemi, čo ho tak trochu prekvapí. Skôr ako zachránca by tak mal pôsobiť v roli dobyvateľa.

2×18 Visitor (Návštevník)

Nový Clarkov spolužiak Cyrus sa správa divne a zrejme dokáže nadprirodzené veci. Clark sa domnieva, že by to mohol byť mimozemšťan ako on. Cyrus vie, ako vyzerá Clarkova vesmírna loď, vie súradnice Kryptonu, dokáže uzdravovať prikladaním rukou. Vďaka svojmu zvláštnemu správaniu sa stane terčom šikany spolužiakov a Clark, ktorý ho zachraňuje, pred ním raz odhalí svoje superschopnosti. Cyrus sa upína k tomu, že si ho biologickí rodičia odvezú domov na jeho rodnú planétu. V určenú dobu vyšle signál z vlastnoručne skonštruovanej veže, ale objaví sa jeho šikanujúci spolužiaci a jeden z nich sa pri pokuse strhnúť vežu smrtelne zraní. Cyrus mu zachráni život, ale príde tak údajne o možnosť vrátiť sa domov. Duševne sa zrúti a prestane komunikovať. V paralelnom príbehu sa nasťahuje Helen k Lexovi a zistí, že Lex v jednej miestnosti zhromažďuje dôkazy o všetkých nadprirodzených udalostiach v Smallville, vrátane rodiny Kentovcov.

2×19 Precipe (Tieň minulosti)

Lanu obťažujú v Talone opití výrastkovia a Clark zasiahne. Tentokrát ale narazí, nová šerifka Adamsová uverí útočníkom, že ich Clark napadol a odsúdi ho na 40 hodín verejne prospešných prác. Lanu útok psychicky rozhádže a pomocnú ruku jej podáva Lex. Naučí ju základy sebaobrany a objaví v jej duši zlobu a hnev. medzitým jeden z "napadnutých", Andy, zažaluje rodinu Kentovcov o milion, simuluje totiž trvalé zdravotné následky. Kentovci sú nešťastní. Nakoniec sa Lana rozhodne dohodnúť si s Andym schôdzku a tu, keď ju opäť začne obťažovať, na ňom vyskúša, čo sa naučila v Lexovej telocvični. Andy je natoľko zahanbený výpraskom od krehkej Lany, že sťahuje žalobu. V paralelnom príbehu sa objavuje Paul, bývalý priateľ Helen, Lexovej snúbenice. Lex si uvedomuje, že mu ju chce Paul prebrať. Helen ho síce nechce, ale to Paulovi nebráni, aby si na ňu nepočkal v odľahlom kúte nemocnice, kde ju fyzicky napadne. Lex ju tu objaví polomŕtvu, Paul ale uteká. Zatiaľčo Helen bojuje o život, vydáva sa ju Lex pomstiť. Na poslednú chvíľu si však Paulovo zabitie rozmyslí. Potom, čo sa Helen uzdraví, ju Lex požiada o ruku.

2×20 Witness (Svedok)

Clark sa stane svedkom prepadnutia dodávky firmy LuthorCorp. Nedokáže však zločinu zabrániť, traja zlodeji majú rovnakú silu ako on. Postupne zisťuje, že ukradnutý náklad boli kryptonitové tehly a že traja mladíci, ktorí s ním chodia do školy majú silu práve preto, že inhalujú pary z roztaveného kryptonitu. Pretože sa Clark vyhýba novej šerifke Adamsovej, zavolá na políciu tip na hlavného zločinca, Erica, anonymne. Eric síce skončí vo väzbe, ale Lex je zvedavý, čo prevážal firemný voz jeho otca, a tak zloží na Erica kauciu, aby sa to dozvedel. Eric mu samozrejme utečie a pretože už pochopil, že Clarka len tak nezlikviduje, vyhráža sa, že ublíži jeho rodičom. Tí teda radšej opúšťajú Smallville. Clark navrhne Lexovi, aby na zlodeja nastražil pascu - fingovaný prevoz kryptonitu. Sám sa potom do celej akcie vloží a zlodejov zlikviduje. V paralelnej dejovej línii dochádza k prehĺbovaniu citového vzťahu medzi Lanou a jej biologickým otcom. To sa však nepáči jeho súčasnej manželke. Vytvára na Lanu nátlak a Lana, aby Henrymu nekomplikovala život, ho od seba odháňa.

2×21 Accelerate (Duch)

Lane sa zjaví jej kamarátka z detstva, Emily, ktorá tragicky zahynula, keď sa snažila zachrániť Lanu pred utopením. Clark ale zistí, že nejde o Emily, ale o klon, ktorý jej otec, pan Dinsmore, vytvoril s pomocou kryptonitu pre Lionela Luthora. Nepravá Emily je nevyspytateľná, najskôr zraní svojho otca a potom vyláka Lanu k rieke, kde ju zrazí do vody. Clark zasahuje na poslednú chvíľu a Lanu zachráni. Lionel získa Emily späť a izoluje ju od jej tvorcu. Lex zistí a vytkne svojmu otcovi, že znovu robí tajné experimenty. Lionel to popiera. Lex chystá svadbu s Helen. Lionel, ktorý nie je na svadbu pozvaný, daruje Lexovi svadobný dar - pobyt na súkromnom ostrove v Karibiku.

2×22 Calling (Precitnutie)

Doktor Walden, ktorý upadol do kómy potom, čo priložil osemstenný disk do priehlbiny v jaskyni Kavačov, sa prebral. Jeho mozgové funkcie sa obnovili a zmizol zákal očí. Z jeho ruky vyžaruje zvláštna energia a neustále hovorí o tom, že prichádza deň, keď posledný syn začne vládnuť svetu. Potom, čo utečie z nemocnice, prezradí Lexovi i Lionelovi, že tým posledným synom je Clark Kent. Podarí sa ho znovu izolovať, ale čoskoro opäť ujde a chce zabiť Clarka. Nakoniec pri tomto pokuse uhorí, jediná stopa je otlačok osemstenu na jeho ruke, o čom sa Lionel samozrejme dozvie. Clark sa naďalej zbližuje s Lanou, z kamarátky sa stalo jeho dievča. Prebehne predsvadobná hostina Lexa a Helen, sú tam pozvaní Clarkovi rodičia a Clark ako svedok prednáša prípitok. Niekto obráti hore nohami Heleninu ordináciu, zmizne odtiaľ vzorka Clarkovej krvi. Helen najprv podoziera Jonathana, potom i Lexa. Obaja tvrdia, že s tým nemajú nič spoločné, ale Lex má vzorku krvi doma. V závere kapitoly sa ozýva tajomný hlas z pivnice, kde je loď. Zároveň odtiaľ vychádza svetlo.

2×23 Exodus (Neposlušný syn)

Tajomný hlas, ktorý oslovil Clarka na konci predchádzajúceho dielu, patrí údajne jeho biologickému otcovi, Džor-Elovi. Ten Clarkovi tvrdí, že ho musí poslúchnuť a naplniť svoj osud. Clark nechce opustiť svojich najdrahších, tým skôr, že jeho vzťah s Lanou je vo veľmi sľubnom štádiu. Tajomná sila z lode však Clarka dokáže ovládať. Náhodou sa počas jednej z návštev v jaskyni Kavačov Clark dozvedá, že Lionel Luthor si nechal vyrobiť presnú kópiu osemstenného kľúča z kryptonitu. Clarka napadne, že by s pomocou kľúča mohol loď zničiť a tým sa zbaviť Džor-Ela. S peteom kľúč Lionelovi ukradnú a Clark ho vloží do lode. Loď je zničenam ale tlaková vlna spôsobí haváriu vozu, v ktorom sa Clarkovi rodičia vracajú z Lexovej svadby. Martha v nemocnici potratí. Kent sa na Clarka hnevá. Clark sa cíti opustený, zoberie Chloe prsteň z červeného kryptonitu a odchádza preč zo Smallvillu. V paralelnej epizóde prebehne svadba Lexa a Helen. Cestou súkromným lietadlom do Karibiku Lex po prípitku zaspí a prebúdza sa sám uprostred búrky v prázdnom lietadle s poškodenou palubnou doskou. Chloe, ktorá na Lanu žiarli, sa definitívne rozchádza s Clarkom v zlom a prisľúbi Lionelovi, že mu dodá o Clarkovi informácie. Ten jej na oplátku zaistí sľubnú novinársku kariéru.